Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine
Begin forwarded message:
From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu>:
Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine
Begin forwarded message:
*From: *Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa> *Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
-- Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it. From: Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu<mailto:meng@cgl.ucsf.edu>>: Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine Begin forwarded message: From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa<mailto:anahhas@kau.edu.sa>> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها [cid:18618f958638478f6f91] Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks, في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu>:
It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
*From: *Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM *To: *chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error
Dear Elaine,
The version is updated. I don't know why this message appears?
Thanks,
Alaa
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu>:
Dear Alaa,
Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.
Best,
Elaine
Begin forwarded message:
*From: *Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa>
*Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team,
I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.
Thanks,
Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
-- Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa>:
It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu>:
It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
*From: *Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM *To: *chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error
Dear Elaine,
The version is updated. I don't know why this message appears?
Thanks,
Alaa
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu>:
Dear Alaa,
Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.
Best,
Elaine
Begin forwarded message:
*From: *Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa>
*Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team,
I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.
Thanks,
Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
-- Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Hi Alaa, Well, the major stumbling block is that the minimization parametrization process cannot handle a proline directly connected to a non-standard amino acid (such as AIB). A secondary problem is that the parameterization of a single AIB differs from that for consecutive AIBs, which confuses the minimization machinery. If you execute these commands (Favorites→Command Line) after opening your structure: setattr r type AXB :11-12,14-15 swapaa ALA :13 ...then minimization "works". Of course, it isn't really the same structure anymore since the the proline was changed to an alanine. --Eric Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Feb 3, 2023, at 12:58 PM, Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa <mailto:anahhas@kau.edu.sa>>: It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu <mailto:kjude@stanford.edu>>: It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
From: Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error
Dear Elaine,
The version is updated. I don't know why this message appears?
Thanks,
Alaa
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu <mailto:meng@cgl.ucsf.edu>>:
Dear Alaa,
Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.
Best,
Elaine
Begin forwarded message:
From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa <mailto:anahhas@kau.edu.sa>>
Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team,
I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.
Thanks,
Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
<Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
<pep1.pdb>_______________________________________________ Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu> Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users <https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users>
Hi Eric, I click on Favorites→Command Line, but nothing happens. Did you mean the problem is when Aib becomes next to Pro, but the message said the problem is with Y next to Aib. Thanks fo help, Alaa في السبت، 4 فبراير 2023 في 2:15 ص تمت كتابة ما يلي بواسطة Eric Pettersen <pett@cgl.ucsf.edu>:
Hi Alaa, Well, the major stumbling block is that the minimization parametrization process cannot handle a proline directly connected to a non-standard amino acid (such as AIB). A secondary problem is that the parameterization of a single AIB differs from that for consecutive AIBs, which confuses the minimization machinery. If you execute these commands (Favorites→Command Line) after opening your structure:
setattr r type AXB :11-12,14-15 swapaa ALA :13
...then minimization "works". Of course, it isn't really the same structure anymore since the the proline was changed to an alanine.
--Eric
Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Feb 3, 2023, at 12:58 PM, Alaa Nahhas via Chimera-users < chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa>:
It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu>:
It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
*From: *Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM *To: *chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error
Dear Elaine,
The version is updated. I don't know why this message appears?
Thanks,
Alaa
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu>:
Dear Alaa,
Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.
Best,
Elaine
Begin forwarded message:
*From: *Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa>
*Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team,
I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.
Thanks,
Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
<Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
<pep1.pdb>_______________________________________________ Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users
-- Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Ah, well I don’t actually know anything about MMTK so probably can’t provide any more specific “help”, but your problem looks a lot like one reported a few years ago https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html so you could try starting from there for a solution. It’s helpful if you include your error message as text in your emails rather than a screenshot so that it will be searchable by future users. Best wishes Kevin From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:59 PM To: Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu> Cc: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa<mailto:anahhas@kau.edu.sa>>: It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks, في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu<mailto:kjude@stanford.edu>>: It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it. From: Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu<mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu<mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu<mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu<mailto:meng@cgl.ucsf.edu>>: Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine Begin forwarded message: From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa<mailto:anahhas@kau.edu.sa>> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها [cid:1861909892f8478f6f91] Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended. إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Hi Alaa, The solution that Kevin uncovered is better. Favorites→Command Line should open the command line at the bottom of the Chimera window where you can type these commands: addh addcharge setattr a gaffType CX :AIB@ca setattr a gaffType C :AIB@c setattr a gaffType N :AIB@n (In case the mailer mangles it, the last argument of the final three commands is an atom spec that contains an ampersand, not the string "at") Then you should be able to carry out your minimization. --Eric
On Feb 3, 2023, at 3:45 PM, Dr. Kevin M Jude via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Ah, well I don’t actually know anything about MMTK so probably can’t provide any more specific “help”, but your problem looks a lot like one reported a few years ago
https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html <https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html>
so you could try starting from there for a solution. It’s helpful if you include your error message as text in your emails rather than a screenshot so that it will be searchable by future users.
Best wishes Kevin
From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa <mailto:anahhas@kau.edu.sa>> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:59 PM To: Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu <mailto:kjude@stanford.edu>> Cc: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error
Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa <mailto:anahhas@kau.edu.sa>>: It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu <mailto:kjude@stanford.edu>>: It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.
From: Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu>> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu>> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error
Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa
في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu <mailto:meng@cgl.ucsf.edu>>: Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine
Begin forwarded message:
From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa <mailto:anahhas@kau.edu.sa>> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST
Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
<Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.
إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها
_______________________________________________ Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu <mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu> Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users <https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users>
participants (4)
-
Alaa Nahhas -
Dr. Kevin M Jude -
Elaine Meng -
Eric Pettersen