It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.

From: Chimera-users chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu Subject: Re: [Chimera-users] minimization error Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏ <‪meng@cgl.ucsf.edumailto:meng@cgl.ucsf.edu‏>: Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine

Begin forwarded message:

From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.samailto:anahhas@kau.edu.sa> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST

Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

[cid:18618f958638478f6f91]

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Alaa Nahhas‬‏ <‪anahhas@kau.edu.sa‬‏>:‬

It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Dr. Kevin M Jude‬‏ <‪kjude@stanford.edu‬‏>:‬

...

It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.

*From: *Chimera-users chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM *To: *chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error

Dear Elaine,

The version is updated. I don't know why this message appears?

Thanks,

Alaa

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏ <‪meng@cgl.ucsf.edu‏>:

Dear Alaa,

Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.

Best,

Elaine

Begin forwarded message:

*From: *Alaa Nahhas anahhas@kau.edu.sa

*Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST

Dear Chimera team,

I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.

Thanks,

Alaa

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

Hi Eric, I click on Favorites→Command Line, but nothing happens. Did you mean the problem is when Aib becomes next to Pro, but the message said the problem is with Y next to Aib. Thanks fo help, Alaa

‫في السبت، 4 فبراير 2023 في 2:15 ص تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Eric Pettersen‬‏ <‪pett@cgl.ucsf.edu‬‏>:‬

Hi Alaa, Well, the major stumbling block is that the minimization parametrization process cannot handle a proline directly connected to a non-standard amino acid (such as AIB). A secondary problem is that the parameterization of a single AIB differs from that for consecutive AIBs, which confuses the minimization machinery. If you execute these commands (Favorites→Command Line) after opening your structure:

setattr r type AXB :11-12,14-15 swapaa ALA :13

...then minimization "works". Of course, it isn't really the same structure anymore since the the proline was changed to an alanine.

--Eric

Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab

On Feb 3, 2023, at 12:58 PM, Alaa Nahhas via Chimera-users < chimera-users@cgl.ucsf.edu> wrote:

Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Alaa Nahhas‬‏ <‪anahhas@kau.edu.sa‬‏>:‬

...

It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Dr. Kevin M Jude‬‏ <‪kjude@stanford.edu‬‏>:‬

...

It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.

*From: *Chimera-users chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu *Date: *Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM *To: *chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu *Subject: *Re: [Chimera-users] minimization error

Dear Elaine,

The version is updated. I don't know why this message appears?

Thanks,

Alaa

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏ <‪meng@cgl.ucsf.edu‏>:

Dear Alaa,

Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it.

Best,

Elaine

Begin forwarded message:

*From: *Alaa Nahhas anahhas@kau.edu.sa

*Date: *February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST

Dear Chimera team,

I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it.

Thanks,

Alaa

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

<Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

<pep1.pdb>_______________________________________________ Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users

Hi Alaa, The solution that Kevin uncovered is better. Favorites→Command Line should open the command line at the bottom of the Chimera window where you can type these commands:

addh addcharge setattr a gaffType CX :AIB@ca setattr a gaffType C :AIB@c setattr a gaffType N :AIB@n

(In case the mailer mangles it, the last argument of the final three commands is an atom spec that contains an ampersand, not the string "at")

Then you should be able to carry out your minimization.

--Eric

On Feb 3, 2023, at 3:45 PM, Dr. Kevin M Jude via Chimera-users chimera-users@cgl.ucsf.edu wrote:

Ah, well I don’t actually know anything about MMTK so probably can’t provide any more specific “help”, but your problem looks a lot like one reported a few years ago

https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2017-February/013194.html

so you could try starting from there for a solution. It’s helpful if you include your error message as text in your emails rather than a screenshot so that it will be searchable by future users.

Best wishes Kevin

From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa mailto:anahhas@kau.edu.sa> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:59 PM To: Dr. Kevin M Jude <kjude@stanford.edu mailto:kjude@stanford.edu> Cc: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error

Please find the attached pdb file for the peptide. I just need the minimized step. Thanks

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:50 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Alaa Nahhas‏ <‪anahhas@kau.edu.sa mailto:anahhas@kau.edu.sa‏>: It does work with other peptides that contain Aib. Can I send to you the pdb file to check it. Thanks,

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:47 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Dr. Kevin M Jude‏ <‪kjude@stanford.edu mailto:kjude@stanford.edu‏>: It looks like your peptide contains the nonstandard amino acid alpha-aminoisobutyric acid (AIB), and chimera doesn’t have a dictionary for it.

From: Chimera-users <chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu> on behalf of Alaa Nahhas via Chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu> Date: Friday, February 3, 2023 at 12:38 PM To: chimera-users <chimera-users@cgl.ucsf.edu mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu> Subject: Re: [Chimera-users] minimization error

Dear Elaine, The version is updated. I don't know why this message appears? Thanks, Alaa

‫في الجمعة، 3 فبراير 2023 في 11:07 م تمت كتابة ما يلي بواسطة ‪Elaine Meng‏ <‪meng@cgl.ucsf.edu mailto:meng@cgl.ucsf.edu‏>: Dear Alaa, Forwarding your question. However, when you get a Chimera error and you think it may be a bug, instead of using e-mail it is usually more helpful to use the Chimera menu: Help... Report a Bug. Also make sure you are using a recent version of Chimera. If you haven't updated in a while, you should try the newest release, then if you still get the error, you could report it. Best, Elaine

Begin forwarded message:

From: Alaa Nahhas <anahhas@kau.edu.sa mailto:anahhas@kau.edu.sa> Date: February 3, 2023 at 12:00:13 PM PST

Dear Chimera team, I have a peptide and when I minimize its structure, I got the attached message. How can I solve it. Thanks, Alaa

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

<Screen Shot 2023-02-03 at 12.03.46 PM.png>

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

Disclaimer: The information contained in this message is intended for the addressee only and may contain classified information. If you are not the addressee, please delete this message and notify the sender; you should not copy or distribute this message or disclose its contents to anyone. Any views or opinions expressed in this message are those of the individual(s) and not necessarily of the university. No reliance may be placed on this message without written confirmation from an authorized representative of its contents. No guarantee is implied that this message or any attachment is virus free or has not been intercepted and amended.

إخلاء مسؤليه: ان جميع المعلومات المتضمنة في هذه الرسالة تخص المستلم، وربما تتضمن معلومات سرية، واذا لم تكن انت المستلم فالرجاء الغاء الرسالة واشعار المرسل، كما يمنع نسخ او توزيع هذه الرسالة او افشاء محتوياتها لاخرين. ويجدر بالعلم ان جميع الآراء ووجهات النظر الواردة في هذه الرسالة تعتبر شخصية وليست بالضرورة منسوبة للجامعة. كما لايمكن ان يعتمد على هذه الرسالة ما لم تحصل على موافقة خطية من المسئول عن محتوياتها. كما لايوجد ضمان بان هذه الرسالة أو مرفقاتها خالية من الفيروسات أو انها لم يتم اعتراضها وتعديلها

---

Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users