boltz install /home/bmcuser/boltz22 Successfully created Boltz Python virtual environment /home/bmcuser/boltz22. Now installing machine learning package torch. /home/bmcuser/boltz22/bin/python -m pip install torch==2.7.1 --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu126 Looking in indexes: https://download.pytorch.org/whl/cu126 Collecting torch==2.7.1 Downloading https://download-r2.pytorch.org/whl/cu126/torch-2.7.1%2Bcu126-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (29 kB) Requirement already satisfied: filelock in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1) (3.19.1) Requirement already satisfied: typing-extensions>=4.10.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1) (4.15.0) Collecting sympy>=1.13.3 (from torch==2.7.1) Using cached sympy-1.14.0-py3-none-any.whl.metadata (12 kB) Requirement already satisfied: networkx in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1) (3.3) Requirement already satisfied: jinja2 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1) (3.1.6) Collecting fsspec (from torch==2.7.1) Using cached fsspec-2026.7.0-py3-none-any.whl.metadata (10 kB) Collecting nvidia-cuda-nvrtc-cu12==12.6.77 (from torch==2.7.1) Downloading https://pypi.nvidia.com/nvidia-cuda-nvrtc-cu12/nvidia_cuda_nvrtc_cu12-12.6.77-py3-none-manylinux2014_x86_64.whl (23.7 MB) [?25l ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/23.7 MB ? eta -:--:--  ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.2/23.7 MB 96.4 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 6.9/23.7 MB 102.8 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 10.8/23.7 MB 112.6 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━ 13.6/23.7 MB 100.7 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━ 17.6/23.7 MB 103.1 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━ 18.9/23.7 MB 102.9 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━ 20.2/23.7 MB 73.6 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸ 23.4/23.7 MB 67.9 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 23.7/23.7 MB 72.2 MB/s eta 0:00:00 [?25hCollecting nvidia-cuda-runtime-cu12==12.6.77 (from torch==2.7.1) Downloading https://pypi.nvidia.com/nvidia-cuda-runtime-cu12/nvidia_cuda_runtime_cu12-12.6.77-py3-none-manylinux2014_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.whl (897 kB) [?25l ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/897.7 kB ? eta -:--:--  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 897.7/897.7 kB 99.7 MB/s eta 0:00:00 [?25hCollecting nvidia-cuda-cupti-cu12==12.6.80 (from torch==2.7.1) Downloading https://pypi.nvidia.com/nvidia-cuda-cupti-cu12/nvidia_cuda_cupti_cu12-12.6.80-py3-none-manylinux2014_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.whl (8.9 MB) [?25l ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/8.9 MB ? eta -:--:--  ━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.5/8.9 MB 104.1 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━ 6.1/8.9 MB 90.0 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━ 6.1/8.9 MB 60.7 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╸━━━━ 7.9/8.9 MB 58.6 MB/s eta 0:00:01  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 8.9/8.9 MB 61.3 MB/s eta 0:00:00 [?25hCollecting nvidia-cudnn-cu12==9.5.1.17 (from torch==2.7.1) Downloading https://pypi.nvidia.com/nvidia-cudnn-cu12/nvidia_cudnn_cu12-9.5.1.17-py3-none-manylinux_2_28_x86_64.whl (571.0 MB) [?25l ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/571.0 MB ? eta -:--:--  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.9/571.0 MB 117.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 7.1/571.0 MB 109.7 MB/s eta 0:00:06  ╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 11.0/571.0 MB 99.1 MB/s eta 0:00:06  ╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 12.9/571.0 MB 88.5 MB/s eta 0:00:07  ╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 13.7/571.0 MB 70.4 MB/s eta 0:00:08  ╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 14.2/571.0 MB 59.5 MB/s eta 0:00:10  ━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 15.4/571.0 MB 51.2 MB/s eta 0:00:11  ━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 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56.1/571.0 MB 110.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 57.7/571.0 MB 81.4 MB/s eta 0:00:07  ━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 61.3/571.0 MB 80.7 MB/s eta 0:00:07  ━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 65.2/571.0 MB 81.1 MB/s eta 0:00:07  ━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 69.0/571.0 MB 113.1 MB/s eta 0:00:05  ━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 73.1/571.0 MB 114.9 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 74.2/571.0 MB 90.9 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 74.2/571.0 MB 90.9 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 74.5/571.0 MB 56.7 MB/s eta 0:00:09  ━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 77.1/571.0 MB 53.4 MB/s eta 0:00:10  ━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 81.1/571.0 MB 53.5 MB/s eta 0:00:10  ━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 85.1/571.0 MB 113.0 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 89.0/571.0 MB 115.9 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 92.8/571.0 MB 114.5 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 96.3/571.0 MB 109.6 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 99.7/571.0 MB 106.0 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 100.8/571.0 MB 83.4 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 104.6/571.0 MB 85.8 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 108.5/571.0 MB 88.1 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 112.4/571.0 MB 114.1 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 115.7/571.0 MB 108.8 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 119.6/571.0 MB 108.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 123.4/571.0 MB 108.0 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 126.8/571.0 MB 108.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 127.7/571.0 MB 104.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 127.7/571.0 MB 104.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 127.7/571.0 MB 104.3 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 128.5/571.0 MB 46.6 MB/s eta 0:00:10  ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 129.3/571.0 MB 41.5 MB/s eta 0:00:11  ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 132.5/571.0 MB 40.8 MB/s eta 0:00:11  ━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 134.7/571.0 MB 38.5 MB/s eta 0:00:12  ━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 137.9/571.0 MB 38.5 MB/s eta 0:00:12  ━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 138.4/571.0 MB 58.4 MB/s eta 0:00:08  ━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 141.7/571.0 MB 69.0 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 144.2/571.0 MB 72.8 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 145.5/571.0 MB 62.0 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 148.7/571.0 MB 77.5 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 150.5/571.0 MB 68.3 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 153.4/571.0 MB 66.3 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 153.9/571.0 MB 63.0 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 154.6/571.0 MB 56.6 MB/s eta 0:00:08  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 155.0/571.0 MB 53.5 MB/s eta 0:00:08  ━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 157.1/571.0 MB 45.3 MB/s eta 0:00:10  ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 158.3/571.0 MB 41.3 MB/s eta 0:00:11  ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 161.8/571.0 MB 46.1 MB/s eta 0:00:09  ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 164.4/571.0 MB 57.9 MB/s eta 0:00:08  ━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 165.2/571.0 MB 62.0 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 167.0/571.0 MB 59.3 MB/s eta 0:00:07  ━━━━━━━━━━━╺━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 170.1/571.0 MB 67.8 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 173.4/571.0 MB 67.8 MB/s eta 0:00:06  ━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 176.5/571.0 MB 97.6 MB/s eta 0:00:05  ━━━━━━━━━━━╸━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 178.0/571.0 MB 81.4 MB/s eta 0:00:05  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Requirement already satisfied: MarkupSafe>=2.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from jinja2->torch==2.7.1) (3.0.3) Downloading https://download-r2.pytorch.org/whl/cu126/torch-2.7.1%2Bcu126-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl (822.1 MB) [?25l ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.0/822.1 MB ? eta -:--:--  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.1/822.1 MB 1.6 MB/s eta 0:08:41  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.1/822.1 MB 1.7 MB/s eta 0:08:06  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.2/822.1 MB 1.9 MB/s eta 0:07:18  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.2/822.1 MB 1.8 MB/s eta 0:07:48  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.3/822.1 MB 1.8 MB/s eta 0:07:45  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 0.4/822.1 MB 2.0 MB/s eta 0:06:51  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 1.1/822.1 MB 4.4 MB/s eta 0:03:06  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 1.4/822.1 MB 5.2 MB/s eta 0:02:37  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 1.7/822.1 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https://download-r2.pytorch.org/whl/triton-3.3.1-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl (155.7 MB) Using cached sympy-1.14.0-py3-none-any.whl (6.3 MB) Using cached fsspec-2026.7.0-py3-none-any.whl (206 kB) Using cached mpmath-1.3.0-py3-none-any.whl (536 kB) Installing collected packages: nvidia-cusparselt-cu12, mpmath, triton, sympy, nvidia-nvtx-cu12, nvidia-nvjitlink-cu12, nvidia-nccl-cu12, nvidia-curand-cu12, nvidia-cufile-cu12, nvidia-cuda-runtime-cu12, nvidia-cuda-nvrtc-cu12, nvidia-cuda-cupti-cu12, nvidia-cublas-cu12, fsspec, nvidia-cusparse-cu12, nvidia-cufft-cu12, nvidia-cudnn-cu12, nvidia-cusolver-cu12, torch Attempting uninstall: nvidia-nvjitlink-cu12 Found existing installation: nvidia-nvjitlink-cu12 12.9.86 Not uninstalling nvidia-nvjitlink-cu12 at /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages, outside environment /home/bmcuser/boltz22 Can't uninstall 'nvidia-nvjitlink-cu12'. No files were found to uninstall. Successfully installed fsspec-2026.7.0 mpmath-1.3.0 nvidia-cublas-cu12-12.6.4.1 nvidia-cuda-cupti-cu12-12.6.80 nvidia-cuda-nvrtc-cu12-12.6.77 nvidia-cuda-runtime-cu12-12.6.77 nvidia-cudnn-cu12-9.5.1.17 nvidia-cufft-cu12-11.3.0.4 nvidia-cufile-cu12-1.11.1.6 nvidia-curand-cu12-10.3.7.77 nvidia-cusolver-cu12-11.7.1.2 nvidia-cusparse-cu12-12.5.4.2 nvidia-cusparselt-cu12-0.6.3 nvidia-nccl-cu12-2.26.2 nvidia-nvjitlink-cu12-12.6.85 nvidia-nvtx-cu12-12.6.77 sympy-1.14.0 torch-2.7.1+cu126 triton-3.3.1 [notice] A new release of pip is available: 24.0 -> 26.2.1 [notice] To update, run: /home/bmcuser/boltz22/bin/python -m pip install --upgrade pip Successfully installed torch. Now installing Boltz and required packages from PyPi. This may take tens of of minutes since Boltz uses many other packages totaling about 1 Gbyte of disk space including torch, scipy, rdkit, llvmlite, sympy, pandas, numpy, wandb, numba... /home/bmcuser/boltz22/bin/python -m pip install https://github.com/RBVI/boltz/archive/chimerax_boltz22.zip Collecting https://github.com/RBVI/boltz/archive/chimerax_boltz22.zip Using cached https://github.com/RBVI/boltz/archive/chimerax_boltz22.zip Installing build dependencies: started Installing build dependencies: finished with status 'done' Getting requirements to build wheel: started Getting requirements to build wheel: finished with status 'done' Preparing metadata (pyproject.toml): started Preparing metadata (pyproject.toml): finished with status 'done' Requirement already satisfied: torch==2.7.1 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from boltz==2.2.0) (2.7.1+cu126) Requirement already satisfied: numpy<2.0,>=1.26 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from boltz==2.2.0) (1.26.4) Collecting hydra-core==1.3.2 (from boltz==2.2.0) Using cached hydra_core-1.3.2-py3-none-any.whl.metadata (5.5 kB) Collecting pytorch-lightning==2.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached pytorch_lightning-2.5.0-py3-none-any.whl.metadata (21 kB) Collecting rdkit>=2024.3.2 (from boltz==2.2.0) Using cached rdkit-2026.9.1-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (3.8 kB) Collecting dm-tree==0.1.8 (from boltz==2.2.0) Using cached dm_tree-0.1.8-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (1.9 kB) Collecting requests==2.32.3 (from boltz==2.2.0) Using cached requests-2.32.3-py3-none-any.whl.metadata (4.6 kB) Collecting pandas>=2.2.2 (from boltz==2.2.0) Using cached pandas-3.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (79 kB) Collecting types-requests (from boltz==2.2.0) Using cached types_requests-2.33.0.20261006-py3-none-any.whl.metadata (2.2 kB) Collecting einops==0.8.0 (from boltz==2.2.0) Using cached einops-0.8.0-py3-none-any.whl.metadata (12 kB) Collecting einx==0.3.0 (from boltz==2.2.0) Using cached einx-0.3.0-py3-none-any.whl.metadata (6.9 kB) Collecting fairscale==0.4.13 (from boltz==2.2.0) Using cached fairscale-0.4.13-py3-none-any.whl Collecting mashumaro==3.14 (from boltz==2.2.0) Using cached mashumaro-3.14-py3-none-any.whl.metadata (114 kB) Collecting modelcif==1.2 (from boltz==2.2.0) Using cached modelcif-1.2-py3-none-any.whl Collecting wandb==0.18.7 (from boltz==2.2.0) Using cached wandb-0.18.7-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (9.7 kB) Collecting click==8.1.7 (from boltz==2.2.0) Using cached click-8.1.7-py3-none-any.whl.metadata (3.0 kB) Collecting pyyaml==6.0.2 (from boltz==2.2.0) Using cached PyYAML-6.0.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (2.1 kB) Collecting biopython==1.84 (from boltz==2.2.0) Using cached biopython-1.84-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (12 kB) Collecting scipy==1.13.1 (from boltz==2.2.0) Using cached scipy-1.13.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (60 kB) Collecting numba==0.61.0 (from boltz==2.2.0) Using cached numba-0.61.0-cp311-cp311-manylinux2014_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.whl.metadata (2.8 kB) Collecting gemmi==0.6.5 (from boltz==2.2.0) Using cached gemmi-0.6.5-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (2.3 kB) Collecting scikit-learn==1.6.1 (from boltz==2.2.0) Using cached scikit_learn-1.6.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (18 kB) Collecting chembl_structure_pipeline==1.2.2 (from boltz==2.2.0) Using cached chembl_structure_pipeline-1.2.2-py3-none-any.whl.metadata (3.9 kB) Collecting cuequivariance_ops_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_cu12-0.13.0-py3-none-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (19 kB) Collecting cuequivariance_ops_torch_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_torch_cu12-0.13.0-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (29 kB) Collecting cuequivariance_torch>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_torch-0.13.0-py3-none-any.whl.metadata (15 kB) Requirement already satisfied: setuptools>=46.4.0 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from chembl_structure_pipeline==1.2.2->boltz==2.2.0) (65.5.0) Requirement already satisfied: sympy in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from einx==0.3.0->boltz==2.2.0) (1.14.0) Collecting frozendict (from einx==0.3.0->boltz==2.2.0) Using cached frozendict-2.4.7-py3-none-any.whl.metadata (23 kB) Collecting omegaconf<2.4,>=2.2 (from hydra-core==1.3.2->boltz==2.2.0) Using cached omegaconf-2.3.1-py3-none-any.whl.metadata (4.5 kB) Collecting antlr4-python3-runtime==4.9.* (from hydra-core==1.3.2->boltz==2.2.0) Using cached antlr4_python3_runtime-4.9.3-py3-none-any.whl Requirement already satisfied: packaging in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from hydra-core==1.3.2->boltz==2.2.0) (25.0) Requirement already satisfied: typing-extensions>=4.1.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from mashumaro==3.14->boltz==2.2.0) (4.15.0) Requirement already satisfied: ihm>=1.7 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from modelcif==1.2->boltz==2.2.0) (2.2) Collecting llvmlite<0.45,>=0.44.0dev0 (from numba==0.61.0->boltz==2.2.0) Using cached llvmlite-0.44.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (4.8 kB) Requirement already satisfied: tqdm>=4.57.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (4.67.3) Requirement already satisfied: fsspec>=2022.5.0 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (2026.7.0) Collecting torchmetrics>=0.7.0 (from pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) Using cached torchmetrics-1.9.0-py3-none-any.whl.metadata (23 kB) Collecting lightning-utilities>=0.10.0 (from pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) Using cached lightning_utilities-0.15.3-py3-none-any.whl.metadata (5.5 kB) Requirement already satisfied: charset-normalizer<4,>=2 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from requests==2.32.3->boltz==2.2.0) (3.4.7) Requirement already satisfied: idna<4,>=2.5 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from requests==2.32.3->boltz==2.2.0) (3.13) Requirement already satisfied: urllib3<3,>=1.21.1 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from requests==2.32.3->boltz==2.2.0) (2.6.3) Requirement already satisfied: certifi>=2017.4.17 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from requests==2.32.3->boltz==2.2.0) (2026.4.22) Collecting joblib>=1.2.0 (from scikit-learn==1.6.1->boltz==2.2.0) Using cached joblib-1.6.0-py3-none-any.whl.metadata (6.5 kB) Collecting threadpoolctl>=3.1.0 (from scikit-learn==1.6.1->boltz==2.2.0) Downloading threadpoolctl-3.7.0-py3-none-any.whl.metadata (24 kB) Requirement already satisfied: filelock in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (3.19.1) Requirement already satisfied: networkx in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (3.3) Requirement already satisfied: jinja2 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (3.1.6) Requirement already satisfied: nvidia-cuda-nvrtc-cu12==12.6.77 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.77) Requirement already satisfied: nvidia-cuda-runtime-cu12==12.6.77 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.77) Requirement already satisfied: nvidia-cuda-cupti-cu12==12.6.80 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.80) Requirement already satisfied: nvidia-cudnn-cu12==9.5.1.17 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (9.5.1.17) Requirement already satisfied: nvidia-cublas-cu12==12.6.4.1 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.4.1) Requirement already satisfied: nvidia-cufft-cu12==11.3.0.4 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (11.3.0.4) Requirement already satisfied: nvidia-curand-cu12==10.3.7.77 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (10.3.7.77) Requirement already satisfied: nvidia-cusolver-cu12==11.7.1.2 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (11.7.1.2) Requirement already satisfied: nvidia-cusparse-cu12==12.5.4.2 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.5.4.2) Requirement already satisfied: nvidia-cusparselt-cu12==0.6.3 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (0.6.3) Requirement already satisfied: nvidia-nccl-cu12==2.26.2 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (2.26.2) Requirement already satisfied: nvidia-nvtx-cu12==12.6.77 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.77) Requirement already satisfied: nvidia-nvjitlink-cu12==12.6.85 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (12.6.85) Requirement already satisfied: nvidia-cufile-cu12==1.11.1.6 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (1.11.1.6) Requirement already satisfied: triton==3.3.1 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (3.3.1) Collecting docker-pycreds>=0.4.0 (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached docker_pycreds-0.4.0-py2.py3-none-any.whl.metadata (1.8 kB) Collecting gitpython!=3.1.29,>=1.0.0 (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached gitpython-3.2.1-py3-none-any.whl.metadata (13 kB) Requirement already satisfied: platformdirs in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) (4.9.6) Collecting protobuf!=4.21.0,!=5.28.0,<6,>=3.19.0 (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached protobuf-5.29.6-cp38-abi3-manylinux2014_x86_64.whl.metadata (592 bytes) Requirement already satisfied: psutil>=5.0.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) (7.0.0) Collecting sentry-sdk>=2.0.0 (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached sentry_sdk-2.72.0-py3-none-any.whl.metadata (11 kB) Collecting setproctitle (from wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached setproctitle-1.3.8-cp311-cp311-manylinux1_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.manylinux_2_5_x86_64.whl.metadata (10 kB) Collecting nvidia-ml-py (from cuequivariance_ops_cu12>=0.5.0->boltz==2.2.0) Using cached nvidia_ml_py-13.615.71-py3-none-any.whl.metadata (9.7 kB) INFO: pip is looking at multiple versions of cuequivariance-ops-torch-cu12 to determine which version is compatible with other requirements. This could take a while. Collecting cuequivariance_ops_torch_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_torch_cu12-0.12.0-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (24 kB) Collecting cuequivariance_ops_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_cu12-0.12.0-py3-none-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (19 kB) Collecting cuequivariance_ops_torch_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_torch_cu12-0.11.1-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (22 kB) Collecting cuequivariance_ops_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_cu12-0.11.1-py3-none-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (19 kB) Collecting cuequivariance_ops_torch_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_torch_cu12-0.11.0-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (22 kB) Collecting cuequivariance_ops_cu12>=0.5.0 (from boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance_ops_cu12-0.11.0-py3-none-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl.metadata (19 kB) Collecting cuequivariance (from cuequivariance_torch>=0.5.0->boltz==2.2.0) Using cached cuequivariance-0.13.0-py3-none-any.whl.metadata (15 kB) Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.8.2 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from pandas>=2.2.2->boltz==2.2.0) (2.9.0.post0) Requirement already satisfied: Pillow in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from rdkit>=2024.3.2->boltz==2.2.0) (11.3.0) Requirement already satisfied: six>=1.4.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from docker-pycreds>=0.4.0->wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) (1.17.0) Requirement already satisfied: aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (3.13.1) Collecting gitdb<5,>=4.0.1 (from gitpython!=3.1.29,>=1.0.0->wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached gitdb-4.0.12-py3-none-any.whl.metadata (1.2 kB) Requirement already satisfied: msgpack in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from ihm>=1.7->modelcif==1.2->boltz==2.2.0) (1.1.1) Collecting cloudpickle>=3.0 (from joblib>=1.2.0->scikit-learn==1.6.1->boltz==2.2.0) Using cached cloudpickle-3.1.2-py3-none-any.whl.metadata (7.1 kB) Requirement already satisfied: mpmath<1.4,>=1.1.0 in ./boltz22/lib/python3.11/site-packages (from sympy->einx==0.3.0->boltz==2.2.0) (1.3.0) Collecting opt-einsum (from cuequivariance->cuequivariance_torch>=0.5.0->boltz==2.2.0) Using cached opt_einsum-3.4.0-py3-none-any.whl.metadata (6.3 kB) Requirement already satisfied: MarkupSafe>=2.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from jinja2->torch==2.7.1->boltz==2.2.0) (3.0.3) Requirement already satisfied: aiohappyeyeballs>=2.5.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (2.6.1) Requirement already satisfied: aiosignal>=1.4.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (1.4.0) Requirement already satisfied: attrs>=17.3.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (26.1.0) Requirement already satisfied: frozenlist>=1.1.1 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (1.8.0) Requirement already satisfied: multidict<7.0,>=4.5 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (6.7.1) Requirement already satisfied: propcache>=0.2.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (0.4.1) Requirement already satisfied: yarl<2.0,>=1.17.0 in /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages (from aiohttp!=4.0.0a0,!=4.0.0a1->fsspec[http]>=2022.5.0->pytorch-lightning==2.5.0->boltz==2.2.0) (1.23.0) Collecting smmap<6,>=3.0.1 (from gitdb<5,>=4.0.1->gitpython!=3.1.29,>=1.0.0->wandb==0.18.7->boltz==2.2.0) Using cached smmap-5.0.3-py3-none-any.whl.metadata (4.6 kB) Using cached biopython-1.84-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (3.2 MB) Using cached chembl_structure_pipeline-1.2.2-py3-none-any.whl (17 kB) Using cached click-8.1.7-py3-none-any.whl (97 kB) Using cached dm_tree-0.1.8-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (152 kB) Using cached einops-0.8.0-py3-none-any.whl (43 kB) Using cached einx-0.3.0-py3-none-any.whl (102 kB) Using cached gemmi-0.6.5-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (3.2 MB) Using cached hydra_core-1.3.2-py3-none-any.whl (154 kB) Using cached mashumaro-3.14-py3-none-any.whl (92 kB) Using cached numba-0.61.0-cp311-cp311-manylinux2014_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.whl (3.8 MB) Using cached pytorch_lightning-2.5.0-py3-none-any.whl (819 kB) Using cached PyYAML-6.0.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (762 kB) Using cached requests-2.32.3-py3-none-any.whl (64 kB) Using cached scikit_learn-1.6.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (13.5 MB) Using cached scipy-1.13.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (38.6 MB) Using cached wandb-0.18.7-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (16.1 MB) Using cached cuequivariance_ops_torch_cu12-0.11.0-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl (468 kB) Using cached cuequivariance_ops_cu12-0.11.0-py3-none-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl (32.9 MB) Using cached cuequivariance_torch-0.13.0-py3-none-any.whl (184 kB) Using cached pandas-3.0.6-cp311-cp311-manylinux_2_24_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl (11.1 MB) Using cached rdkit-2026.9.1-cp311-cp311-manylinux_2_28_x86_64.whl (31.8 MB) Using cached types_requests-2.33.0.20261006-py3-none-any.whl (21 kB) Using cached docker_pycreds-0.4.0-py2.py3-none-any.whl (9.0 kB) Using cached gitpython-3.2.1-py3-none-any.whl (231 kB) Using cached joblib-1.6.0-py3-none-any.whl (306 kB) Using cached lightning_utilities-0.15.3-py3-none-any.whl (31 kB) Using cached llvmlite-0.44.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (42.4 MB) Using cached omegaconf-2.3.1-py3-none-any.whl (79 kB) Using cached protobuf-5.29.6-cp38-abi3-manylinux2014_x86_64.whl (320 kB) Using cached sentry_sdk-2.72.0-py3-none-any.whl (544 kB) Downloading threadpoolctl-3.7.0-py3-none-any.whl (26 kB) Using cached torchmetrics-1.9.0-py3-none-any.whl (983 kB) Using cached cuequivariance-0.13.0-py3-none-any.whl (250 kB) Using cached frozendict-2.4.7-py3-none-any.whl (16 kB) Using cached nvidia_ml_py-13.615.71-py3-none-any.whl (58 kB) Using cached setproctitle-1.3.8-cp311-cp311-manylinux1_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.manylinux_2_5_x86_64.whl (32 kB) Using cached cloudpickle-3.1.2-py3-none-any.whl (22 kB) Using cached gitdb-4.0.12-py3-none-any.whl (62 kB) Using cached opt_einsum-3.4.0-py3-none-any.whl (71 kB) Using cached smmap-5.0.3-py3-none-any.whl (24 kB) Building wheels for collected packages: boltz Building wheel for boltz (pyproject.toml): started Building wheel for boltz (pyproject.toml): finished with status 'done' Created wheel for boltz: filename=boltz-2.2.0-py3-none-any.whl size=268989 sha256=12733e1a7093a5490d394aee5031f3b5d31a48e965e3d43ecd281ede10d0211d Stored in directory: /tmp/pip-ephem-wheel-cache-jkmu_wiq/wheels/26/ba/5c/a8ae06e77eb74d03f129cbbe5d93bfea3b1259fabe4f838af4 Successfully built boltz Installing collected packages: nvidia-ml-py, dm-tree, antlr4-python3-runtime, types-requests, threadpoolctl, smmap, setproctitle, sentry-sdk, scipy, requests, rdkit, pyyaml, protobuf, opt-einsum, mashumaro, llvmlite, lightning-utilities, gemmi, frozendict, einops, docker-pycreds, cuequivariance_ops_cu12, cloudpickle, click, biopython, pandas, omegaconf, numba, modelcif, joblib, gitdb, einx, cuequivariance_ops_torch_cu12, cuequivariance, chembl_structure_pipeline, scikit-learn, hydra-core, gitpython, cuequivariance_torch, wandb, torchmetrics, fairscale, pytorch-lightning, boltz Attempting uninstall: scipy Found existing installation: scipy 1.14.0 Not uninstalling scipy at /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages, outside environment /home/bmcuser/boltz22 Can't uninstall 'scipy'. No files were found to uninstall. Attempting uninstall: requests Found existing installation: requests 2.32.5 Not uninstalling requests at /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages, outside environment /home/bmcuser/boltz22 Can't uninstall 'requests'. No files were found to uninstall. Attempting uninstall: click Found existing installation: click 8.3.3 Not uninstalling click at /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages, outside environment /home/bmcuser/boltz22 Can't uninstall 'click'. No files were found to uninstall. Successfully installed antlr4-python3-runtime-4.9.3 biopython-1.84 boltz-2.2.0 chembl_structure_pipeline-1.2.2 click-8.1.7 cloudpickle-3.1.2 cuequivariance-0.13.0 cuequivariance_ops_cu12-0.11.0 cuequivariance_ops_torch_cu12-0.11.0 cuequivariance_torch-0.13.0 dm-tree-0.1.8 docker-pycreds-0.4.0 einops-0.8.0 einx-0.3.0 fairscale-0.4.13 frozendict-2.4.7 gemmi-0.6.5 gitdb-4.0.12 gitpython-3.2.1 hydra-core-1.3.2 joblib-1.6.0 lightning-utilities-0.15.3 llvmlite-0.44.0 mashumaro-3.14 modelcif-1.2 numba-0.61.0 nvidia-ml-py-13.615.71 omegaconf-2.3.1 opt-einsum-3.4.0 pandas-3.0.6 protobuf-5.29.6 pytorch-lightning-2.5.0 pyyaml-6.0.2 rdkit-2026.9.1 requests-2.32.3 scikit-learn-1.6.1 scipy-1.13.1 sentry-sdk-2.72.0 setproctitle-1.3.8 smmap-5.0.3 threadpoolctl-3.7.0 torchmetrics-1.9.0 types-requests-2.33.0.20261006 wandb-0.18.7 [notice] A new release of pip is available: 24.0 -> 26.2.1 [notice] To update, run: /home/bmcuser/boltz22/bin/python -m pip install --upgrade pip Downloading Boltz model parameters (4 GB) and chemical component database (1.8 GB) to ~/.boltz /home/bmcuser/boltz22/bin/python /usr/lib/ucsf-chimerax-daily/lib/python3.11/site-packages/chimerax/boltz/download_weights_and_ccd.py Downloading the CCD data to /home/bmcuser/.boltz/mols.tar. This may take a bit of time. You may change the cache directory with the --cache flag. Extracting the CCD data to /home/bmcuser/.boltz/mols. This may take a bit of time. You may change the cache directory with the --cache flag. Downloading the Boltz-2 weights to /home/bmcuser/.boltz/boltz2_conf.ckpt. You may change the cache directory with the --cache flag. Downloading the Boltz-2 affinity weights to /home/bmcuser/.boltz/boltz2_aff.ckpt. You may change the cache directory with the --cache flag. Making CCD atom counts table for 45227 in /home/bmcuser/.boltz/mols Boltz model parameters and CCD database are installed in ~/.boltz Successfully installed Boltz program and neural net weights.