Hi Diego,

Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are.  So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'.  Therefore this command will create the distance:

dist ##name=AA1 ##name=AA2

If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:

dist :centroid

Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.

--Eric

Eric Pettersen

UCSF Computer Graphics Lab

On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:

Hello,

I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :

1.

rc(session, 'define centroid :43 massWeighting  true name AA1')
rc(session, 'define centroid :35 massWeighting  true name AA2')
rc(session, 'distance AA1 AA2')

2.

rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')
rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')
rc(session, 'distance AA1 AA2')

But I get this error in the third line in both cases :

chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier

What is wrong ?

Thanks in advance.

--

Diego A. Amaya Ramírez

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