Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance: dist ##name=AA1 ##name=AA2 If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it: dist :centroid Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'. --Eric Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1. rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1') rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
2. rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1') rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
But I get this error in the third line in both cases : chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
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