distance between centers of mass using python API
Hello, I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways : 1. *rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1')rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2') * 2. *rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2')* But I get this error in the third line in both cases : *chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier * What is wrong ? Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez -- *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance: dist ##name=AA1 ##name=AA2 If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it: dist :centroid Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'. --Eric Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1. rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1') rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
2. rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1') rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
But I get this error in the third line in both cases : chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
Aviso legal: El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad. _______________________________________________ ChimeraX-users mailing list ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users
We are thinking it would be nice if the marker atom also got the given name so that you could use: dist @AA1 @AA2 And will probably make that enhancement today, so it will be in tomorrow's daily build. --Eric
On Sep 7, 2021, at 11:20 AM, Eric Pettersen via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance:
dist ##name=AA1 ##name=AA2
If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:
dist :centroid
Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.
--Eric
Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu>> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1. rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1') rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
2. rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1') rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
But I get this error in the third line in both cases : chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
Aviso legal: El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad. _______________________________________________ ChimeraX-users mailing list ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu <mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu> Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users
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Hi Eric, thank you so much. Your suggestion works like a charm. Best regards, El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett@cgl.ucsf.edu>) escribió:
Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance:
dist ##name=AA1 ##name=AA2
If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:
dist :centroid
Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.
--Eric
Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users < chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1.
*rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1')rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2') *
2.
*rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2')*
But I get this error in the third line in both cases :
*chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier *
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
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-- Diego A. Amaya Ramírez -- *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
Hi again Eric. sorry, just one more question. How could I catch the value from *rc(session,'dist ##name=AA1 ##name=AA2')* in a python variable ? Thanks in advance. El mié, 8 sept 2021 a las 11:07, Diego Amaya (<diaamayaram@unal.edu.co>) escribió:
Hi Eric,
thank you so much. Your suggestion works like a charm.
Best regards,
El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett@cgl.ucsf.edu>) escribió:
Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance:
dist ##name=AA1 ##name=AA2
If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:
dist :centroid
Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.
--Eric
Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users < chimerax-users@cgl.ucsf.edu> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1.
*rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1')rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2') *
2.
*rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1')rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2')rc(session, 'distance AA1 AA2')*
But I get this error in the third line in both cases :
*chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier *
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
*Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad. _______________________________________________ ChimeraX-users mailing list ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users
-- Diego A. Amaya Ramírez
-- Diego A. Amaya Ramírez -- *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
Hi Diego, Sorry, but that command was supposed to return the distance value but wasn't in all cases. In tomorrow's daily build it will. --Eric
On Sep 8, 2021, at 2:22 AM, Diego Amaya <diaamayaram@unal.edu.co> wrote:
Hi again Eric.
sorry, just one more question. How could I catch the value from rc(session,'dist ##name=AA1 ##name=AA2') in a python variable ?
Thanks in advance.
El mié, 8 sept 2021 a las 11:07, Diego Amaya (<diaamayaram@unal.edu.co <mailto:diaamayaram@unal.edu.co>>) escribió: Hi Eric,
thank you so much. Your suggestion works like a charm.
Best regards,
El mar, 7 sept 2021 a las 20:20, Eric Pettersen (<pett@cgl.ucsf.edu <mailto:pett@cgl.ucsf.edu>>) escribió: Hi Diego, Centroids are created as 'markers' and therefore are referred to in commands in the same way as atoms are. So specifically, your first 'define' command creates a structure named AA1, with one residue named 'centroid', with one atom named 'cent'. Therefore this command will create the distance:
dist ##name=AA1 ##name=AA2
If you have exactly two of these centroids open, then this command will also do it:
dist :centroid
Therefore, it might be easiest to not even give these centroids names but instead use two 'define' commands followed by 'dist :centroid' and then 'close :centroid'.
--Eric
Eric Pettersen UCSF Computer Graphics Lab
On Sep 6, 2021, at 10:14 AM, Diego Amaya via ChimeraX-users <chimerax-users@cgl.ucsf.edu <mailto:chimerax-users@cgl.ucsf.edu>> wrote:
Hello,
I'm trying to compute the distance between the centers of mass of two residues using the python API. I tried two different ways :
1. rc(session, 'define centroid :43 massWeighting true name AA1') rc(session, 'define centroid :35 massWeighting true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
2. rc(session, ' measure center :43 mark true name AA1') rc(session, 'measure center :35 mark true name AA2') rc(session, 'distance AA1 AA2')
But I get this error in the third line in both cases : chimerax.core.errors.UserError: Missing or invalid "objects" argument: invalid objects specifier
What is wrong ?
Thanks in advance. -- Diego A. Amaya Ramírez
Aviso legal: El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad. _______________________________________________ ChimeraX-users mailing list ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu <mailto:ChimeraX-users@cgl.ucsf.edu> Manage subscription: https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users <https://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimerax-users>
-- Diego A. Amaya Ramírez
-- Diego A. Amaya Ramírez
Aviso legal: El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>. Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por la Universidad.
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